olá amigo, eu também passei esta situação no meu caso foi no final da época da criação a minha canaria sempre que eu colocava com o macho ela era agressiva não fazia o ninho e não colocava ovos,mas quando eu colocava no viveiro com as outras fêmeas ela fazia o ninho no fundo do viveiro e colocava 4 até 5 ovos ai eu me cansei depois de umas 3 vezes que ela fez isso,ai resolvi colocar numa gaiola com a divisória e deixei 2 semanas separada do macho depois tirei a divisória e coloquei um ninho já forrado e ela colocou 4 ovos e nasceram 3 filhotes .
só que no meu caso o macho não estava na muda, e estava quente pro acasalamento !!!!
se os seus estão mudando acho que você não deve juntá-los ela pode machucá-lo...